Der erste Europäer, der die Halbinsel Manhattan entdeckte, war im Jahr 1524 der in französischen Diensten stehende Italiener Giovanni da Verrazzano. Er verzichtete jedoch auf eine genaue Erkundung des Landes. Erst 1609 wurde das nachgeholt, als Henry Hudson, unterwegs im Auftrag der Holländischen Ostindien-Kompagnie, im Norden Amerikas an der Atlantikküste Halt machte. Er erkannte die günstige Lage Manhattans und verbreitete die Nachricht darüber in der Heimat, woraufhin die ersten Siedler aus Holland ab 1613 in der neuen Welt eintrafen. Deren Gouverneur, Peter Minnewit, kaufte den dort lebenden Manna-Hatta-Indianern 1626 ihre Halbinsel ab, angeblich gegen ein paar Perlen und andere wenig wertvolle Gegenstände. Die Siedlung Nieuw Amsterdam entstand, die unter Minnewits Nachfolger, Peter Stuyvesant, beträchtlich an Größe gewann. Während die ehemaligen Namen der Stadt heute nur noch in der Geschichte von New York City auftauchen, sind die Manna Hatta die Namensgeber des berühmtesten Stadtteils des ganzen Landes, Manhattan.
Die Briten begannen sich bald für die schnell wachsende Ansiedlung zu interessieren und eroberten sie schließlich im Jahr 1664. Zehn Jahre später stellten sie sie endgültig unter ihre Verwaltung und tauften sie in New York um. Unter dieser Herrschaft blieb die Stadt auch bis zum Revolutionskrieg, in dem die amerikanischen Truppen zwar versuchten, New York zu erobern, in der Schlacht auf Long Island aber zunächst scheiterten. So dauerte es bis zum Ende des Krieges, bis New York City unter die Flagge der USA kam, deren erste Hauptstadt sie wurde. 1789 legte George Washington hier seinen Amtseid als erster Präsident der USA ab.
In den folgenden Jahren wuchs die Stadt, auch in ihrer Bedeutung, schnell und stetig. 1820 bereits war New York City mit damals 150.000 Einwohnern die größte Stadt des Landes und in der Folgezeit explodierte die Bevölkerungszahl geradezu, als immer neue Ströme von Einwanderern aus ganz Europa und später auch aus anderen Teilen der Welt ankamen. Nacheinander kamen regelrechte Wellen von Immigranten im Hafen New Yorks an. Sie alle, zwischen 1894 und 1954 allein mehr als 17 Millionen, landeten zunächst auf Ellis Island, der Einwanderungsstation im Hafen, von wo viele von ihnen auch wieder auf den langen Weg zurück geschickt wurden, etwa wenn man Krankheiten feststellte. Die Stadt selbst konnte dieser Entwicklung so schnell nicht gerecht werden; in einigen Vierteln entstanden prekäre Wohnverhältnisse. Die Einwanderer fanden sich in ihren eigenen Stadtteilen zusammen; Little Italy, Chinatown und andere von der Herkunft ihrer Bewohner geprägte Stadtteile entstanden. Für die Geschichte von New York City ist die Einwanderung immer das entscheidende Element gewesen und ist es bis heute.
New York City war der Melting Pot, der Schmelztiegel, in dem Menschen aus aller Welt miteinander und nebeneinander lebten. Schon 1898 waren es 3.5 Millionen Einwohner, 1913 mehr als 5 Millionen. Der Raum in Manhattan, das sich schnell zum Zentrum der Wirtschaft entwickelte, war jedoch begrenzt. Aus diesem Grund begann man mit dem Bau riesiger Gebäude, den Wolkenkratzern. Zu Beginn des 20. Jahrhunderts entstanden etwa das Empire State Building, das Woolworth Building und das Chrysler Building. Diesen folgten am Ende des 20. Jahrhunderts weitere, etwa das 1970 fertiggestellte World Trade Center, das für kurze Zeit das höchste Gebäude der Welt war.
New York City machte auch in jüngerer Vergangenheit immer wieder von sich reden, zum Beispiel durch den totalen Stromausfall im Jahr 1965, durch die Fast-Pleite der Stadt 1970 (mit der berühmten Schlagzeile der New York Post, nachdem Präsident Ford finanzielle Unterstützung für die Stadt durch die Regierung abgelehnt hatte: Ford to City: Drop Dead) oder durch den Schwarzen Montag an der Wall Street im Jahr 1987. Schließlich wurde New York City am 11. September 2001 Schauplatz des wohl folgenschwersten Terroranschlags in der Geschichte, als das World Trade Center durch vollbesetzte Passagierflugzeuge zum Einsturz gebracht wurde. Trotz dieses Anschlags hat New York City nichts von seiner Bedeutung für den Rest der Welt verloren. Das kann sowohl positiv als auch negativ wirken. So ging von hier in den Jahren 2007 / 2008 die Finanz- und Wirtschaftskrise aus, die sich überall in der Welt auswirkte.